read_epp_data.RdReads the HIV prevalence from sentinel surveillance and household surveillance data from the EPP .xml file within a PJNZ.
read_epp_data(pjnz_path)
| pjnz_path | Path to Spectrum PJNZ file. |
|---|
List of data frames containing prevalence and incidence data.
EPP projection sets are identified in the .xml file by searching the XML tree for tag "object", and then selecting objects with "class" attribute equal to "epp2011.core.sets.ProjectionSet".
pjnz_path <- system.file("testdata", "Botswana2018.PJNZ", package = "specio") read_epp_data(pjnz_path)#> $Urban #> $Urban$country #> [1] "Botswana" #> #> $Urban$region #> [1] "Urban" #> #> $Urban$projset_id #> [1] 0 #> #> $Urban$anc.used #> [1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> #> $Urban$anc.prev #> year #> site 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA 0.17 0.149 0.192 0.278 0.287 #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA 0.16 0.237 0.342 0.297 0.396 #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.160 NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA 0.199 NA 0.299 #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA 0.178 NA 0.389 #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.270 NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 #> Gaborone (%) 0.313 0.340 0.391 0.371 0.362 0.386 0.382 0.448 NA 0.344 #> Francistown (%) 0.431 0.429 0.430 0.427 0.444 0.496 0.402 0.458 NA 0.423 #> Southern (%) 0.217 NA 0.247 NA 0.407 0.340 0.331 0.257 NA 0.282 #> South East (%) NA NA NA NA NA 0.321 0.265 0.279 NA 0.321 #> Kweneng East (%) 0.239 NA 0.372 NA 0.304 0.296 0.292 0.321 NA 0.315 #> Mahalapye (%) NA 0.282 NA 0.320 NA 0.319 0.398 0.374 NA 0.362 #> Serowe Palapye (%) NA 0.344 NA 0.418 NA 0.446 0.367 0.433 NA 0.375 #> Lobatse (%) NA 0.337 NA 0.313 NA 0.306 0.346 0.324 NA 0.290 #> Selebi-Pikwe (%) 0.378 NA 0.499 NA 0.503 0.500 0.481 0.522 NA 0.465 #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.349 #> year #> site 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 #> Gaborone (%) 0.353 0.332 NA 0.290 NA 0.292 NA NA NA NA NA #> Francistown (%) 0.367 0.379 NA 0.381 NA 0.370 NA NA NA NA NA #> Southern (%) 0.250 0.228 NA 0.283 NA 0.224 NA NA NA NA NA #> South East (%) 0.276 0.267 NA 0.288 NA 0.158 NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) 0.317 0.335 NA 0.279 NA 0.266 NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) 0.299 0.304 NA 0.378 NA 0.335 NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) 0.368 0.373 NA 0.336 NA 0.379 NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) 0.284 0.287 NA 0.324 NA 0.244 NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) 0.411 0.490 NA 0.391 NA 0.412 NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) 0.200 0.214 NA 0.311 NA 0.167 NA NA NA NA NA #> year #> site 2017 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024 2025 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> #> $Urban$anc.n #> year #> site 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA 58 841 881 1205 1307 #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA 128 796 803 799 626 #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA 508 NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA 267 NA 262 #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA 258 NA 231 #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA 307 NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 #> Gaborone (%) 1232 786 1251 480 734 576 666 555 NA 722 607 #> Francistown (%) 751 802 796 576 702 494 458 593 NA 659 560 #> Southern (%) 589 NA 300 NA 513 347 363 359 NA 313 324 #> South East (%) NA NA NA NA NA 192 288 306 NA 368 385 #> Kweneng East (%) 213 NA 534 NA 349 540 567 522 NA 551 518 #> Mahalapye (%) NA 393 NA 362 NA 336 303 326 NA 379 322 #> Serowe Palapye (%) NA 289 NA 268 NA 341 425 389 NA 534 598 #> Lobatse (%) NA 266 NA 252 NA 232 241 246 NA 243 249 #> Selebi-Pikwe (%) 331 NA 471 NA 304 351 372 302 NA 300 324 #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA 146 143 #> year #> site 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 #> Gaborone (%) 692 NA 678 NA 572 NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) 702 NA 527 NA 547 NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) 319 NA 316 NA 302 NA NA NA NA NA NA #> South East (%) 441 NA 421 NA 242 NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) 487 NA 486 NA 262 NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) 403 NA 409 NA 463 NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) 667 NA 405 NA 458 NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) 242 NA 274 NA 169 NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) 310 NA 263 NA 282 NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) 141 NA 300 NA 300 NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024 2025 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> #> $Urban$ancrtsite.prev #> year #> site 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024 2025 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> #> $Urban$ancrtsite.n #> year #> site 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024 2025 #> Gaborone (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Francistown (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Southern (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> South East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mahalapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Serowe Palapye (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Lobatse (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Selebi-Pikwe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Jwaneng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> #> $Urban$ancrtcens #> year prev n #> 2014 2014 0.2870 25690 #> 2015 2015 0.2800 25467 #> 2016 2016 0.2870 23939 #> 2017 2017 0.2821 26821 #> #> $Urban$hhs #> year prev se n used incid incid_se prev_incid_corr incid_cohort #> 1 2008 0.239 0.0110 NA TRUE NA NA NA NA #> 2 2004 0.242 0.0108 NA TRUE NA NA NA NA #> 3 2012 0.215 0.0100 NA TRUE NA NA NA NA #> #> #> $Rural #> $Rural$country #> [1] "Botswana" #> #> $Rural$region #> [1] "Rural" #> #> $Rural$projset_id #> [1] 1 #> #> $Rural$anc.used #> [1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> #> $Rural$anc.prev #> year #> site 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA 0.095 NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA 0.183 NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.231 #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA 0.08 0.127 NA 0.194 #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA 0.400 0.424 0.404 #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA 0.443 0.453 0.493 #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA 0.367 0.356 0.319 #> Gantsi (%) 0.189 NA NA 0.223 NA NA 0.218 0.188 NA #> Chobe (%) 0.379 NA 0.383 NA 0.508 NA 0.383 0.429 0.470 #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA 0.218 NA 0.285 0.283 0.289 #> Tutume (%) NA 0.332 NA 0.375 NA 0.354 0.511 0.407 0.377 #> Kweneng West (%) NA 0.301 NA 0.265 NA NA 0.253 0.287 0.270 #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA 0.331 0.263 0.409 #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA 0.406 0.342 0.327 #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA 0.233 0.400 0.284 #> Ngami (%) NA 0.323 NA 0.335 NA NA 0.358 0.407 0.384 #> Kgatleng (%) NA NA 0.305 NA 0.295 NA 0.249 0.309 NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 #> North East (%) NA 0.349 0.354 0.388 NA 0.365 NA 0.296 NA NA #> Bobirwa district (%) NA 0.298 0.376 0.429 NA 0.466 NA 0.418 NA NA #> Boteti (%) NA 0.354 0.290 0.337 NA 0.410 NA 0.274 NA NA #> Gantsi (%) NA 0.209 0.270 0.266 NA 0.197 NA 0.173 NA NA #> Chobe (%) NA NA 0.420 0.456 NA 0.408 NA 0.371 NA NA #> Kgalagadi (%) NA 0.262 0.191 0.310 NA 0.185 NA 0.272 NA NA #> Tutume (%) NA 0.413 0.399 0.387 NA 0.363 NA 0.359 NA NA #> Kweneng West (%) NA 0.270 0.281 0.239 NA 0.288 NA 0.330 NA NA #> Goodhope (%) NA 0.208 0.230 0.265 NA 0.278 NA 0.308 NA NA #> Okavango (%) NA 0.292 0.291 0.347 NA 0.333 NA 0.262 NA NA #> Hukuntsi (%) NA 0.294 0.294 0.327 NA 0.143 NA 0.305 NA NA #> Ngami (%) NA 0.273 0.354 0.397 NA 0.303 NA 0.278 NA NA #> Kgatleng (%) NA 0.301 0.243 0.308 NA 0.220 NA 0.345 NA NA #> Mabutsane (%) NA NA 0.264 0.253 NA 0.292 NA 0.367 NA NA #> year #> site 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2025 #> North East (%) NA #> Bobirwa district (%) NA #> Boteti (%) NA #> Gantsi (%) NA #> Chobe (%) NA #> Kgalagadi (%) NA #> Tutume (%) NA #> Kweneng West (%) NA #> Goodhope (%) NA #> Okavango (%) NA #> Hukuntsi (%) NA #> Ngami (%) NA #> Kgatleng (%) NA #> Mabutsane (%) NA #> #> $Rural$anc.n #> year #> site 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA 126 NA 95 #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA 71 NA 103 #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA 303 NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA 53 299 NA 227 NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 #> North East (%) NA NA NA NA NA 75 196 222 NA 213 244 #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA 149 286 255 NA 209 292 #> Boteti (%) NA NA NA NA NA 281 250 260 NA 331 310 #> Gantsi (%) NA NA 139 NA NA 159 112 NA NA 188 201 #> Chobe (%) NA 63 NA 120 NA 81 105 115 NA NA 122 #> Kgalagadi (%) NA NA NA 257 NA 120 172 161 NA 164 188 #> Tutume (%) 339 NA 299 NA 339 267 370 429 NA 278 388 #> Kweneng West (%) 72 NA 136 NA NA 130 158 190 NA 178 207 #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA 96 146 137 NA 184 170 #> Okavango (%) NA NA NA NA NA 225 284 328 NA 288 242 #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA 62 182 100 NA 118 112 #> Ngami (%) 331 NA 337 NA NA 376 253 376 NA 353 428 #> Kgatleng (%) NA 294 NA 271 NA 231 310 NA NA 398 373 #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 112 #> year #> site 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 #> North East (%) 245 NA 226 NA 198 NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) 262 NA 284 NA 363 NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) 292 NA 293 NA 197 NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) 188 NA 244 NA 135 NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) 156 NA 138 NA 143 NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) 164 NA 188 NA 191 NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) 375 NA 389 NA 403 NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) 152 NA 203 NA 157 NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) 196 NA 185 NA 194 NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) 254 NA 217 NA 327 NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) 101 NA 88 NA 118 NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) 418 NA 525 NA 135 NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) 405 NA 450 NA 330 NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) 114 NA 300 NA 300 NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024 2025 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> #> $Rural$ancrtsite.prev #> year #> site 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024 2025 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> #> $Rural$ancrtsite.n #> year #> site 1985 1986 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA #> year #> site 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024 2025 #> North East (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Bobirwa district (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Boteti (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Gantsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Chobe (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgalagadi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Tutume (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kweneng West (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Goodhope (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Okavango (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Hukuntsi (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Ngami (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Kgatleng (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> Mabutsane (%) NA NA NA NA NA NA NA NA #> #> $Rural$ancrtcens #> year prev n #> 2014 2014 0.3060 15765 #> 2015 2015 0.3060 14657 #> 2016 2016 0.2880 13790 #> 2017 2017 0.3005 16430 #> #> $Rural$hhs #> year prev se n used incid incid_se prev_incid_corr incid_cohort #> 1 2008 0.281 0.016 NA TRUE NA NA NA NA #> 2 2004 0.264 0.014 NA TRUE NA NA NA NA #> 3 2012 0.224 0.010 NA TRUE NA NA NA NA #> #> #> attr(,"country") #> [1] "Botswana" #> attr(,"country_code") #> [1] 72 #> attr(,"class") #> [1] "eppd"